李光耀执政数十年，这期间,新加坡从一个禀赋匮乏、国民素质低下、社会动荡不安的小岛跃升为“亚洲四小龙”之一，并跻身发达国家之列。一路走来，新加坡的各个方面都留下了李光耀思想和政策的烙印，时至今日依然深深影响着一代代新加坡国民。其中有名垂青史的赫赫功绩，但也不乏饱受质疑和诟病之处。
吸引外资发展经济
新加坡独立后面临严重的生存危机，失业率高达12%。面临生存考验，有着务实精神的李光耀，从制造业着手发展经济，1968年成立裕廊工业区，建立多个轻工业基地，努力吸引外资，给予外国企业优惠。只用了十年，新加坡便成为世界主要电子产品出口国。作为世界主要港口，新加坡成功吸引著名石油公司蚬壳石油和埃克森美孚，成为世界第三大炼油国。
1980年代，新加坡经济发展迅速，政局稳定，失业率低至3%，国内生产总值每年增8%。1980年代后期，新加坡政府成立经济委员会，制定了工业生产向高技术、高增值转化的中长期经济发展战略。在制造业成为经济增长火车头的同时，金融、交通运输、旅游、商业和服务业也得到蓬勃发展，工业结构日趋合理。
从1960年到1983年，新加坡国内生产总值的年均增长率高达9.0%，是同期世界上增长最快的国家之一。李光耀担任总理的25年是新加坡经济增长最快的时期，它从一个名不见经传的亚洲小国跻身“亚洲四小龙”之一，成为了一个井井有条、规范洁净、生活富裕的花园国家。
以薪养廉杜绝贪腐
李光耀执政之前的新加坡，贪污盛行，腐败遍地，许多公务员都以贪污贿赂手段谋取钱财，一些人甚至对无权无势者进行敲诈勒索，更有警察因受贿而成为贪污犯的保护者。
李光耀1959年出任总理后，一直致力于建设廉洁政府。李光耀先走出了一条“以薪养廉”的道路，他认为任何一个政府，要么是廉洁和高工资，要么是处于伪善而保持低工资同时腐败猖獗。
1962年，贪污调查局成立，并由总理李光耀直接负责。主要职责是接受和调查公众人士对公共部门和非官方部门的投诉，对公务人员的舞弊和失俭行为进行调查，并对公共部门的运作和程序进行监测，设法把官员贪污舞弊行为的机会减至最低。李光耀特别强调贪污调查局查案的行动效率。一旦决定调查的案件，须在委定查案官员后48小时内展开调查行动。除非案情复杂，需要更长时间调查，所有的贪污投诉必须在3个月完成调查。
经过30多年的努力，新加坡成为了世界上最廉洁的国家之一，在1995年出版的《世界各国竞争力报告》中，新加坡仅次于新西兰，成为排名第二的政府机构无腐败作风的国家。
建设组屋民有所居
新加坡在1959年完全自治时，面临严峻的“屋荒”，大多数人只能居住在木板和铁片搭建的棚屋内，只有9%的人住在像样的房屋内，恶劣的住房问题导致了社会严重不稳定。以李光耀为首的人民行动党提出了“居者有其屋”的口号。
此后，李光耀政府于1960年成立了建屋发展局，向低收入人民提供廉价房屋。建屋发展局在1964年把“居者有其屋”从口号变为现实：国家免费提供土地，由建屋发展局统一规划建设“组屋”。由于新加坡建屋发展局不以赢利为目的，因此组屋的价格并不与市场挂钩，而由建屋发展局来决定。
50年间，建屋发展局建造了90万间组屋，80%的人口居住在组屋中，其中95%拥有自己的组屋，是全球唯一近乎达到百分之百拥屋率的国家。在李光耀的正确的决策指引下，新加坡可谓真的实现了“安得广厦千万间，大庇天下寒士俱欢颜，风雨不动安如山”。
强化英语地位被指消灭中华文化
自李光耀领导的人民行动党上台后，李光耀就在新加坡推行双语教育，即以英语作为第一语言，母语作为第二语言。1965年新加坡独立后，以李光耀为首的政府选择以英文为行政语文。
按照李光耀自己的解释，之所以要推崇英语教育，又进行母语教育，是因为新加坡的法律和所有官方纪录，包括出生和死亡证书，都是使用英文。其次，新加坡是个多元种族社会，英语不会让任何族群感觉处于劣势。另外，对新加坡华人来说，他们必须努力保留母语来维持认同感，尤其是在越来越多家庭使用英语的情况下。
对于李光耀来说，双语政策是新加坡成功的基石。然而又有许多人指出李光耀把新加坡教育英文化，导致华文教育被消灭，特别是他对也华文学校南洋大学所采取的消极态度，更令后人诟病。李光耀认为以华文授课，侧重文科的南洋大学毕业生不受雇主欢迎，经济腾飞需要通晓英文的人，这正是南洋大学所欠缺的，于是李光耀决定将南洋大学并入新加坡国立大学。1983年12月，李光耀宣布所有学校到1987年都会用英语为主要教学媒介语。
推行严刑峻法被指损害人权
李光耀一直认为，在新加坡要建立一个法治社会，首先必须有铁的手腕，采取一些专断措施来打击那些强有力的破坏秩序力量，然后才能建立西方意义上的“合法”的法治社会。李光耀所言“铁的手腕”对新加坡影响至今的就是对严刑峻法、重刑重罚的推崇。
李光耀这种法制理念很大程度上来自其在日本占领新加坡时的切身经验。李光耀亲身经历了日本如何统治被占领区，本人也差点被屠杀。他后来在回忆录里对日军暴行痛加谴责，但也不讳言对他们铁腕手段的欣赏。李光耀称，“日治时期的三年零六个月，是我一生中最重要的阶段，它让我有机会把人的行为、人类社会以及人的动机和冲动看得一清二楚”。尤其是，“严惩不贷使犯罪活动几乎绝迹”，故而，“在物资匮乏、人们半饿不饱的情况下，可以夜不闭户，犯罪率之低叫人惊奇”。李光耀由此领会到的经验是，“有人主张对待和惩罚犯罪应该从宽，认为刑罚减少不了犯罪，我从不相信这一套，这不符合我在战前、日治时期和战后的经验”。
最能体现李光耀“严刑峻法”政策的就是对于造成较大危害、判刑又不足以惩戒的罪犯适用鞭刑。新加坡的鞭刑承袭于英国殖民统治时期。1966年前，新加坡鞭刑仅限于刑法中造成人民身心重大伤害的罪嫌，包括：重伤害、抢劫、强暴及猥亵等罪，然而，李光耀在1966年公布《破坏法》，以维护市容为目的来重罚处罚涂鸦及破坏公私财产的行为，将鞭刑范围进一步扩大，作为维持社会治安的工具。这种严厉的处罚为世界各国所罕见,也在国际社会引起广泛关注，许多国际人权组织强烈批评、反对新加坡的司法鞭刑。国际特赦组织形容新加坡鞭刑“残忍，不人道，有辱人格”。有些人认为新加坡鞭刑违反了联合国禁止酷刑公约，但是新加坡不在此公约的签署国当中。
严格监管媒体被指限制民主自由
李光耀执政后，尤为强调政府对媒体的监管。在新加坡，新闻媒体只能享有“有节制的权力和有约束的自由”，禁止和严惩一切攻击执政党以及鼓吹西方民主自由和生活方式的言论报道，禁止不利于国家安全和有可能导致种族和宗教对立的言论报道。
李光耀认为报章东主和属下记者不像新加坡的部长，他们不是人民投票选出来的……报章自由和新闻媒体的自由必须服从新加坡的首要需求，也必须服从民选政府的首要职责。新加坡没有新闻检查制度，但管理传媒业的新闻与艺术部有专门监管报章的单位，一组官员负责阅读每天的报纸。如果发现有违反政府指示或国家利益的报道和言论，轻则提醒有关报章的负责人，重则由部长、部长授权的人向有关报章的负责人发出警告。在新闻的调控方面，李光耀也制定了细而全面的法律条文，通过专门的出版法、广播电视法、新闻记者法，以及关于新闻的其他立法与判例实施对传媒的调控。目前，所有媒体都必须接受新加坡报业控股集团和广播局的管理、监督和控制。
推行公积金制度被指“劫贫济富”
新加坡的中央公积金制度始于1955，当时是由英国殖民政府推行的，相当于强制性的存款储蓄，为退休后国民提供养老保障。
新加坡在1965年建国后，李光耀领导的执政党人民行动党并没有照抄福利国家的老路，从而使政府背上沉重负担，而是采取“严父主义”，通过不断扩张中央公积金制度的保障范围，强制替国民理财，逐步把中央公积金制度从单一的养老保障储蓄功能拓展成涵盖养老、医疗、住房、教育、投资等内容的社会保障制度。2013年，新加坡中央公积金总余额高达2000亿美元，相当于其2012年GDP的74%。李光耀的公积金制度曾被赞为“模范养老制度”。
然而，近年来越来越多的人觉得政府管理公积金的手法不透明，而且对资金的使用限制太死，支付利息过低。2014年6月，新加坡曾发生一场群众示威性活动，抗议国家的公积金养老制度。从当前实际效果来看，住房公积金已背离了当初给中低收入人群“雪中送炭”的初衷，反而是给高收入人群“锦上添花”。因“沉睡”数量庞大，被指沦为“劫贫济富”工具的住房公积金，成为了众矢之的。
威权管理无所不包被指“霸道家长”
李光耀在新加坡就像一位严父，细心照料国民，但有时候又显得过于严苛，以至一些过于偏激的政策反而引发民怨。
1980年代初期，李光耀担心受过高等教育的新加坡女性选择不婚，乃提出了为人诟病的“优生学”理论，李光耀认为人的聪明才智有80%与遗传有关，20%同教育和环境有关，文化程度高的妇女生的孩子智商高、素质好，而且家庭教育环境也比较优越，所以孩子的发展前途远大。相反，文化程度低的妇女生的孩子智商低、素质差，而且也没有良好的教育环境。于是，他决定给予奖励鼓励受过高等教育的女子结婚生子，而教育程度偏低的女性若选择少生，则可获得现金“奖励”，李光耀的这一理论受到了国人尤其是职业妇女的强烈反对，被视为对女性的侮辱。
此外，当他发现小学生出现肥胖问题时，立即禁止学校再出售油炸食品。在李光耀的领导下，新加坡政府用“惩罚教育”来规范国民行为，大街上的广告牌旁边都要标明罚款的价码，禁止公共场合饮食，违者罚款500新元，甚至禁止携带榴莲。